Po „aryjskiej stronie” 22 lipca 1942 roku Niemcy rozpoczęli wielką akcję deportacyjną w getcie warszawskim. Ogłosiwszy jej rozpoczęcie SS-Hauptsturmführer Hermann Höfle, szef przybyłego z Lublina „sztabu wysiedleńczego”, na osobności zagroził Czerniakowowi, że jeżeli akcja deportacyjna się nie uda, to jego żona „pierwsza będzie jako zakładnik rozstrzelana”. Niemniej nie została aresztowana, być może ze względu na fakt, że w momencie wkroczenia Niemców do getta uczestniczyła w konferencji Centosu i z tego powodu nie była obecna w mieszkaniu.
Następnego dnia, na wieść, iż dzienny kontyngent „wysiedlonych” ulegnie znacznemu zwiększeniu, a deportacja obejmie również dzieci z sierocińców, Czerniaków popełnił samobójstwo. Po jego śmierci wdową zaopiekował się jeden z jego najbliższych współpracowników, Abraham Gepner, który zatrudnił ją w kierowanym przez siebie Zakładzie Zaopatrywania. Po dziesięciu dniach, gdy pod jej nieobecność Niemcy przeprowadzili rewizję w mieszkaniu przy ul. Chłodnej, zdecydowała się jednak na ucieczkę. Początkowo pod opieką doktora Józefa Steina ukrywała się przez blisko trzy dni na oddziale chirurgicznym Szpitala na Czystem przy ul. Leszno 1.