W czasie wojny Rozwadów był ważną placówką gestapo, często odbywały się tu aresztowania i publiczne egzekucje osób działających w konspiracji, dlatego wkrótce ks. Michał Potaczało musiał się ukrywać. Chodził w cywilnych ubraniach, nie spał już w swoim mieszkaniu, ale na wieży kościoła rozwadowskiego, w maleńkim pokoiku za zegarem.
Od 1942 do 1944 r. musiał się ukrywać przed gestapo, poszukiwany listem gończym. Tułał się wtedy po Beskidzie Niskim, po Bieszczadach, udając bądź nafciarza, bądź to występując pod fałszywym nazwiskiem felczera Aleksandra Münza.
W latach 1944–1945 był rezydentem w Chmielniku k. Rzeszowa, kapelanem w szpitalu. Czesław Naleziński ("Arsen") pisał o nim: Wspomnieć należy Ks. Michała Potaczało, który w roku 1944 ukrywał się w tutejszej parafii „spalony” na terenie Rozwadowa. Pamięć jego pozostała u parafian, dzięki jego franciszkańskim zasadom postępowania. Każdą intencję mszalną przekazywał chorym, których odwiedzałChmielnik w latach okupacji niemieckiej 1939-1945.