Przerwa w karierze mogła też zostać wywołana śmiercią długoletniego przyjaciela i ucznia Charliego Parkera (1955), który przez większość życia zmagał się z nałogiem. Ojciec John Crowley i ojciec Anthony nakłonili Williams, by wróciła do grania muzyki. Przekonali ją, że nadal może służyć Bogu i Kościołowi katolickiemu, wykorzystując swój wyjątkowy dar tworzenia. Do powrotu na scenę namówił ją Dizzy Gillespie. Wróciła do pracy, występując z zespołem Dizzy'ego na Newport Jazz Festival w 1957.
W latach 60. XX w. katolicki ksiądz Peter O'Brien został jej bliskim przyjacielem i menadżerem. Oprócz pracy w klubach na Manhattanie Mary Lou grała na uczelniach, założyła własną wytwórnię płytową, zorganizowała Pittsburgh Jazz Festival i występowała w telewizji. W tym okresie koncentrowała się na muzyce sakralnej, hymnach i mszach. Jedna z mszy, Music for Peace, została w 1971 opracowana przez Alvina Aileya i wykonana przez Alvin Ailey Dance Theatre jako Msza Mary Lou. Ailey tak skomentował występ: Jeśli może istnieć Msza Bernsteina, Msza Mozarta, Msza Bacha, dlaczego nie może być Mszy Mary Lou?. To jej najbardziej znane i najlepiej oceniane dzieło. Williams wykonała rewizję Mszy Mary Lou podczas The Dick Cavett Show w 1971.