W 1942 r. w Aix-en-Provence obronił doktorat w dziedzinie filozofii „Dostojewski i problem zła”. W 1944 r. wydana została bardzo ważna praca Evdokimova pt. „Le mariage, sacrament de l’amour” (pol. wydanie „Sakrament miłości. Tajemnica małżeństwa w świetle tradycji prawosławnej”).
W czasie okupacji działał w ruchu oporu. Współpracował w nim z protestantami w ramach CIMADE (Commité inter-Movements pour l’acceuil des évacués). Wchodził w skład oddziału ukrywającego, ochraniającego i organizującego ucieczki Żydów i więźniów politycznych.
Pod koniec II wojny światowej zmarła żona Evdokimova. Chorowała na nowotwór. Po śmierci żony proponowano mu wstąpienie w stan kapłański, pozostał jednak świeckim teologiem.
Po wojnie kierował domami CIMADE, w Sèvres, a później w Massy. Te schroniska dla uchodźców i ludzi przesiedlonych, w latach 50. i 60. przekształciły się w chrześcijańskie domy gościnne dla studentów z Trzeciego Świata i innych imigrantów, a także dla trudnej młodzieży i innych odrzuconych. W tym okresie poświęcał się również pracy nauczycielskiej, wykładał w Instytucie Ekumenicznym w Bossey, pracował tam razem z Nikosem Nissiotisem, greckim teologiem, filozofem, profesorem uniwersyteckim. W 1953 r. uczestniczył w tworzeniu międzynarodowego ruchu młodzieży prawosławnej Syndesmos.