Rząd USA przyjął na siebie pełną odpowiedzialność za nalot na Szafuzę. 3 kwietnia 1944 sekretarz stanu Cordell Hull wystosował oficjalne przeprosiny, a także przekazał ambasadzie USA w Bernie kwotę 1 mln dolarów z przeznaczeniem na pomoc ofiarom bombardowania. W październiku 1944 przekazano na ten cel kolejne 3 mln dolarów. Nawigator samolotu prowadzącego 392. grupę bombową otrzymał naganę i już nigdy nie powierzono mu zadania prowadzenia formacji powietrznej.
Jeszcze przed nalotem władze Szwajcarii ostrzegły aliantów, iż każdy samolot który znajdzie się bezprawnie nad szwajcarskim terytorium zostanie zmuszony do lądowania i internowany, a formacje liczące dwie lub więcej maszyn będą atakowane bez ostrzeżenia. Po ataku na Szafuzę szwajcarska armia skrupulatnie egzekwowała tę procedurę. Już 13 kwietnia 1944 szwajcarskie myśliwce zestrzeliły amerykański bombowiec, który został wcześniej uszkodzony nad Niemcami (zginęło sześciu członków załogi). 24 kwietnia szwajcarskie myśliwce zestrzeliły kolejny bombowiec nad Greifensee, a dwa kolejne zmusiły do lądowania w Dübendorf.