Bonilla był prezydentem do roku 1899. W tym czasie wprowadził w Hondurasie nową konstytucję, przeprowadził liczne reformy, a także podjął dążenia do zjednoczenia państw środkowoamerykańskich. Polityk upewnił się także, iż kolejnym prezydentem zostanie generał Terencio Sierra. Sierra sprawował swój urząd przez cztery lata, do 1903 r. Wtedy jego rządy zostały obalone przez generała Manuela Bonillę. Nowy prezydent poczynił starania, by przekształcić stronnictwo konserwatystów, do którego należał, w narodowców. Sprzyjało temu między innymi utworzenie Partii Narodowej Hondurasu. Bonilla utracił swoją pozycję w 1907 r., w wyniku wojny z liberałami wspieranymi przez Nikaraguę.
Kolejnym prezydentem Hondurasu został Miguel R. Dávila. Wkrótce ponownie wybuchła wojna domowa, zakończona interwencją Stanów Zjednoczonych w 1911 r. Obie strony zgodziły się na powołanie tymczasowego prezydent, którym został Francisco Bertrand. Rok później w wyborach zwycięstwo osiągnął Manuel Bonilla. Polityk zmarł w 1913 r., niewiele ponad rok po objęciu urzędu. Urząd głowy państwa objął ponownie na mocy elekcji Bertrand. Jego rządy trwały do 1919 r, zakończyły się na drodze konfliktu z opozycją. Kolejne lata przyniosły dalsze przemiany polityczne, w wyniku których do władzy dochodzili na zmianę liberałowie i narodowcy.