Pekaneksoliki protein 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom PCNX. Gen se nalazi u Homo sapiens i funkcionira kao kompetitivni endogeni RNK protein 2 povezan sa S-fazom kinaza u raku pluća.
Radijacijskom hibridnom analizom , Nagase et al. (1998) i Nagase et al. (1999) mapirali su gen PCNX1 na hromosomu 14.Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 5: 277-286, 1998. PubMed: 9872452Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Hirosawa, M., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 6: 63-70, 1999. PubMed: 10231032
Analizom genomske sekvence, Geisinger et al. (2005) locirali su PCNX1 također na hromosomu 14, ali precizirali i sekvencu na hromosom 14q24.1. Mapirali su i mišji gen Pcnx1 na hromosomu 12C3.Geisinger, A., Alsheimer, M., Baier, A., Benavente, R., Wettstein, R. The mammalian gene pecanex 1 is differentially expressed during spermatogenesis. Biochim. Biophys. Acta 1728: 34-43, 2005. PubMed: 15777640 Zatim Hartz (2017) lociralala je gen PCNX1 na poziciji 14q24.2 hromosoma 14, na osnovu poravnavanja sekvence PCNX1 (GenBank AB023212) sa genomskom sekvencom (GRCh38).Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 08/30/2017.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 2.341 aminokiselina, a molekulska težina 258.676 Da .
1020304050 MGSQTLQILRQGVWAALSGGWYYDPHQATFVNALHLYLWLFLLGLPFTLY MALPSTMIIVAVYCPVIAAVFIVLKMVNYRLHRALDAGEVVDRTANEFTD QRTKAEQGNCSTRRKDSNGPSDPGGGIEMSEFIREATPPVGCSSRNSYAG LDPSNQIGSGSSRLGTAATIKGDTDTAKTSDDISLSLGQSSSLCKEGSEE QDLAADRKLFRLVSNDSFISIQPSLSSCGQDLPRDFSDKVNLPSHNHHHH VDQSLSSACDTEVASLVPLHSHSYRKDHRPRGVPRTSSSAVAFPDTSLND FPLYQQRRGLDPVSELESSKPLSGSKESLVENSGLSGEFQLAGDLKINTS QPPTKSGKSKPLKAEKSMDSLRSLSTRSSGSTESYCSGTDRDTNSTVSSY KSEQTSSTHIESILSEHEESPKAGTKSGRKKECCAGPEEKNSCASDKRTS SEKIAMEASTNSGVHEAKDPTPSDEMHNQRGLSTSASEEANKNPHANEFT SQGDRPPGNTAENKEEKSDKSAVSVDSKVRKDVGGKQKEGDVRPKSSSVI HRTASAHKSGRRRTGKKRASSFDSSRHRDYVCFRGVSGTKPHSAIFCHDE DSSDQSDLSRASSVQSAHQFSSDSSSSTTSHSCQSPEGRYSALKTKHTHK ERGTDSEHTHKAHLVPEGTSKKRATRRTSSTNSAKTRARVLSLDSGTVAC LNDSNRLMAPESIKPLTTSKSDLEAKEGEVLDELSLLGRASQLETVTRSR NSLPNQVAFPEGEEQDAVSGAAQASEEAVSFRRERSTFRRQAVRRRHNAG SNPTPPTLLIGSPLSLQDGQQGQQSTAQVKVQSRPPSQAAVLSASASLLV RNGSVHLEASHDNASAVGGSSLHDELGKFSSTLYETGGCDMSLVNFEPAA RRASNICDTDSHVSSSTSVRFYPHDVLSLPQIRLNRLLTIDTDLLEQQDI DLSPDLAATYGPTEEAAQKVKHYYRFWILPQLWIGINFDRLTLLALFDRN REILENVLAVILAILVAFLGSILLIQGFFRDIWVFQFCLVIASCQYSLLK SVQPDSSSPRHGHNRIIAYSRPVYFCICCGLIWLLDYGSRNLTATKFKLY GITFTNPLVFISARDLVIVFTLCFPIVFFIGLLPQVNTFVMYLCEQLDIH IFGGNATTSLLAALYSFICSIVAVALLYGLCYGALKDSWDGQHIPVLFSI FCGLLVAVSYHLSRQSSDPSVLFSLVQSKIFPKTEEKNPEDPLSEVKDPL PEKLRNSVSERLQSDLVVCIVIGVLYFAIHVSTVFTVLQPALKYVLYTLV GFVGFVTHYVLPQVRKQLPWHCFSHPLLKTLEYNQYEVRNAATMMWFEKL HVWLLFVEKNIIYPLIVLNELSSSAETIASPKKLNTELGALMITVAGLKL LRSSFSSPTYQYVTVIFTVLFFKFDYEAFSETMLLDLFFMSILFNKLWEL LYKLQFVYTYIAPWQITWGSAFHAFAQPFAVPHSAMLFIQAAVSAFFSTP LNPFLGSAIFITSYVRPVKFWERDYNTKRVDHSNTRLASQLDRNPGSDDN NLNSIFYEHLTRSLQHSLCGDLLLGRWGNYSTGDCFILASDYLNALVHLI EIGNGLVTFQLRGLEFRGTYCQQREVEAITEGVEEDEGFCCCEPGHIPHM LSFNAAFSQRWLAWEVIVTKYILEGYSITDNSAASMLQVFDLRKVLTTYY VKGIIYYVTTSSKLEEWLANETMQEGLRLCADRNYVDVDPTFNPNIDEDY DHRLAGISRESFCVIYLNWIEYCSSRRAKPVDVDKDSSLVTLCYGLCVLG RRALGTASHHMSSNLESFLYGLHALFKGDFRISSIRDEWIFADMELLRKV VVPGIRMSIKLHQDHFTSPDEYDDPTVLYEAIVSHEKNLVIAHEGDPAWR SAVLANSPSLLALRHVMDDGTNEYKIIMLNRRYLSFRVIKVNKECVRGLW AGQQQELVFLRNRNPERGSIQNAKQALRNMINSSCDQPIGYPIFVSPLTT SYSDSHEQLKDILGGPISLGNIRNFIVSTWHRLRKGCGAGCNSGGNIEDS DTGGGTSCTGNNATTANNPHSNVTQGSIGNPGQGSGTGLHPPVTSYPPTL GTSHSSHSVQSGLVRQSPARASVASQSSYCYSSRHSSLRMSTTGFVPCRR SSTSQISLRNLPSSIQSRLSMVNQMEPSGQSGLACVQHGLPSSSSSSQSI PACKHHTLVGFLATEGGQSSATDAQPGNTLSPANNSHSRKAEVIYRVQIV DPSQILEGINLSKRKELQWPDEGIRLKAGRNSWKDWSPQEGMEGHVIHRW VPCSRDPGTRSHIDKAVLLVQIDDKYVTVIETGVLELGAEV Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija Sekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane biblioteke cDNK ljudskog mozga, Nagase et al. (1998) dobili su djelimični klon PCNX1, koji su označili KIAA0805. Izvedena sekvenca od 1.327 aminokiselina imala je značajan identitet sa Drosophila pecanex. RT-PCR ELISA otkrila je varijabilnu ekspresiju KIAA0805 u svih 10 ispitivanih tkiva odraslih ljudi, sa najvećom ekspresijom u mozgu, plućima i jajnicima, praćeno sjemenicima, a najnižom ekspresijom u gušterači i slezeni.
Nagase et al. (1999) također su dobili parcijalni klon PCNX1, koji su označili kao KIAA0995. Izvedeni protein dijeli sličnost sekvence s ljudskim profilagrinom (FLG). RT-PCR ELISA test otkrio je KIAA0995 u svim ispitivanim tkivima odraslih i fetusa, kao i u svim ispitivanim regijama mozga odraslih.
Geisinger et al. (2005) dobili su djelomični pacovski klon Pcnx1 i izveli kodirajuću regiju pune dužine, ispitivanjem odgovarajuće genomske sekvence. Na osnovu poređenja sa Pcnx1 pacova, za ljudski protein PCNX1 pune dužine predviđeno je da sadrži 2.341 aminokiselinu. Northern blot i hibridizacija in situ otkrili su ekspresiju Pcnx1 samo u sjemenicima odraslih pacova, sa specifičnom ekspresijom u ćelijama zametne linije i najvećim intenzitetom nakon mejotske profaze.
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 14 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika