VXN

Veksin je protein koji je kod ljudi kodiran genom VXN. Visoko je eksprimiran u regijama mozga i kičmene moždine.

Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 207 aminokiselina, а molekulska težina 22.584 Da..

1020304050 MMHQIYSCSDENIEVFTTVIPSKVSSPARRRAKSSQHLLTKNVVIESDLY THQPLELLPHRGDRRDPGDRRRFGRLQTARPPTAHPAKASARPVGISEPK TSNLCGNRAYGKSLIPPVPRISVKTSASASLEATAMGTEKGAVLMRGSRH LKKMTEEYPALPQGAEASLPLTGSASCGVPGILRKMWTRHKKKSEYVGAT NSAFEAD

Gen

Lokacija VXN se nalazi duž plus lanca hromosoma 8. The entire gene is 58,522 bp long. VXN je okružen genima za alkoholnu dehidrogenazu sa gvožđem 1 i myb protoonkogenoliki protenin 1. thumb|280px|Susjedstvo gena VXN na hromosomu 8

iRNK

Prerađene varijante VXN nema nijednu alternativno prerađenu varijantu iRNK. Zrela iRNK je duga približno 3.741 parova baza i sadrži šest egzona.

Protein

Opća svojstva thumb|280px|Lokacija domena nepoznate funkcije i signal jedarne lokalizacije duž veksina. Veksin ima 207 aminokiselina, što odgovara molekulskoj težini od 22,6 kdal. Izoelektrična tačka proteina je 10,42, što ukazuje da mu je pH bazni. Veksin sadrži domen nepoznate funkcije (DUF4648) i dio je porodice domena SH3, za koju se zna da se veže za ligande bogate prolinom. Sekundarna i tercijarna struktura ovog proteina nije dobro poznata.

Kompozicija Smatra se da je veksin bogat argininom, a siromašan fenilalaninom, u poređenju sa sastavom prosječnog ljudskog proteina. Veksin sadrži nekoliko regija pozitivno nabijenih puteva i ima visoku koncentraciju esencijalnih aminokiselina.

Post-translacijske modifikacije Predviđa se da veksin ima nekoliko tipova posttranslacijskih modifikacija. S visokim stupnjem sigurnosti, predviđa je veksin podvrgnut glikacijama lizina, O-glikozilaciji serina, treonina i tirozina, fosforilacijama, sumolizaciji i acetilaciji početnog metionina. Tip modifikacijaPoložaj aminokiselinaDjelovanje na proteinGlikacija epsilon lizinskih amino-grupaLys33, Lys41, Lys124, Lys152. Lys153, Lys193 Umanjuje enzimsku funkciju proteinaInicijalna acetilacija metioninaMet1 Posreduje stabilnost, sortiranje i lokalizaciju proteina.Mjesta O-glikozilacijaSer25, Ser90, Ser97, Ser102, Ser113, Ser122, Ser126, Ser128 Ser130, Ser148, Ser194, Thr78, Thr101, Thr125, Thr134, Thr155 Regulira transkripciju i faktore translacijeMjesta fosforilacijaSer22, Ser25, Ser26, Ser34, Ser35, Ser97, Ser122, Ser126, Ser130, Ser194, Thr78, Thr83, Thr138, Tyr50, Tyr158, Tyr196 Regulira funkciju proteina, ćelijsku signalizaciju i enzimske funkcije proteinaMjesta sumoilacija Lys141, Lys195 Ima ulogu u jedarno-citosolnom transportu, djeluje kao mjesto vezanja

Subćelijska lokacija thumb|Konceptna translacija VXN prikazuje predviđena mjesta nakon translacijske modifikacije. Predviđa se da je veksin jedarni protein, s obzirom na klasični signal jedarne lokalizacije, koji se nalazi na aminokiselinama Lys191 do Lys193. Veksin ne sadrži transmembranske domene ili signalne peptide, što upućuje da je riječ o unutarćelijskom proteinu.

Ekspresija thumb|Slika iz Allen Brain Atlasa prikazuje područja povišene ekspresije VXN u mozgu. VX je pokazao sveprisutnu ekspresiju u tijelu. Gen se eksprimira u 13 različitih tipova tkiva u cijelom tijelu, pri čemu mozak, kičmena moždina i živci pokazuju povišenu ekspresiju gena. Konkretno, područja izokorteksa i hipokampusne formacije mozga pokazuju visok nivo ekspresije. Osim u zdravom tkivu, veksin se nalazi i u nekoliko bolesnih stanja. Ova stanja uključuju hondrosarkom, gliom, tumore bubrega, tumore jetre i zametnih ćelija. VXN se ekspimira samo kod dojenčadi i odraslih.

Regulacija ekpresije

Promotor promotorska regija "'VXN"', GXP_80707, je duga približno 1.044 bp. Promotorska sekvenca počinje pri bp 66,492.708 i završava pri 66,493.751 bp. Postoji nekoliko važnih transkripcijskih faktora za koje se predviđa da se vežu za promotorsku sekvencu VXN. Najčešći transkripcijski faktori uključuju: protein 1 koji sadrži HMG-kutiju, represivni glukokortikoidni receptor, vezujući protein koji reaguje na cAMP i faktor domena homeo Pbx-1.

Homologija Paralozi Nisu identifikovani ljudski paralozi za VXN.

Ortolozi thumb|Filogenetsko stablo odabranih ortologa gena VXN. Pikazano je procijenjeno datiranje divergencije. Veksin se nalazi u svim klasama kičmenjaka, uključujući sisare, ptice, ribe, vodozemce i gmizavce. Najdalji ortolog VXN je u australijske duh-ajkule, koji je divergirao od ljudske verzije gena prije otprilike 482,9 miliona godina. Ovaj gen nije nađen ni kod jedne biljke, gljive ili jrdnoćelijskih organizama.

Homologni domeni N i C-kraj su visoko konzervirana područja na udaljenim i bliskim ortolozima. Svi ortolozi veksina pokazuju porodice konzerviranih proteinskih domena SH3, kao i domena nepoznate funkcije (DUF4648).

Klinički značaj VXN je povezan s rakom dojke kod ljudi. Gen je istražen u vezi s pojačivačem estrogenih receptora 1 (ESR1), čija ekspresija određuje da li pacijentica s rakom dojke prima endokrinu terapiju. Predviđa se da VXN ima regije za pojačavanje ESR1, koje postaju hipermetilirane i podstiču stečenu endokrinu rezistenciju kod raka dojke.

Reference

Dopunska literatura

Kategorija:Nekarakterizirani proteini Kategorija:Geni na hromosomu 8 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika