LRRIQ3 (Leucinom-bogarta ponavljanja sa IQ motivom 3), znan i kao LRRC44, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRIQ3 sa hromosoma 1. . It is predominantly expressed in the testes, and is linked to a number of diseases.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 624 aminokiseline, a molekulska težina 73.675 Da.
1020304050 MFHGTVTEELTSHEEWSHYNENIREGQKDFVFVKFNGLHLKSMENLQSCI SLRVCIFSNNFITDIHPLQSCIKLIKLDLHGNQIKSLPNTKFWNGLKNLK LLYLHDNGFAKLKNICVLSACPTLIALTMFDCPVSLKKGYRHVLVNSIWP LKALDHHVISDEEIIQNWHLPERFKACNHRLFFNFCPALRKGTTYEEEIN NIKHITSKINAILAHNSPVLIVQRWIRGFLVRKNLSPVFFHKKKQQEKII RGYEAKWIYITKGYEDKLLKDLFFKPETNIKGKLAYWKHNIYYPVDLKNS SEHRKHVSSILCELKPKDLGMKSKTSRHLIQKGQESEDEIVDEKLDTSFR ISVFKLPIYTSGSLKNNAVLREKKQHFFPAYPQPIYTTHPKPIIKKDIRL ERSMKEFFAPQRAGMKLRTFSDIDKYYTEQKKQEYHKEKVRVVAMAQVAR ERVRVAVNEHLNQKKYATQKLIEENKETIQNSLRQVWQNRFNYLEKARER KALFLKEKSQKASERLLVQNLNNERTLLTRGLLKIDRLEKNEAVLKEKSL IVKQKLKAEKYRKNLLKEMKKVRSQEIYKRHCEEKFVMDMIAFEKACERL QDAKTKVAIVKTNLDFKVPNGLIK
Gen
Lokus LRRIQ3 se nalazi na minus lancu kraja kratkog kraka ljudskog hromosoma 1 na sekvenci 1p31.1.
Sveukupna struktura U navodnoj sekvenci LRRIQ3 postoji ukupno sedam egzona.
iRNK
Ekspresija LRRIQ3 se eksprimira kao dvije primarne izoforme, koje proizvode proteine dužine 624, odnosno 464 aminokiseline. It is expressed at low levels in human and brown rat tissues, sa najvišim nivoima ekspresije u tkivu sjemenika. Postoje relativno visoki nivoi ekspresije u T-ćelijama, epididimisu, bubrezima i brojnim žlijezdama.
Protein
Opća i kompoziciona svojstva Izoforma 1 ljudskog proteina LRRIQ3 sastoji se od 624 aminokiseline i ima molekulsku težinu od 73,7 kDa. Izoelektrična tačka LRRIQ3 je 9,73, što sugerira da je LRRIQ3 bazna pri normalnom fiziološkom pH (~7,4). Pored toga, postoje snažni dokazi da se ljudski LRRIQ3 nalazi na plazmamembrani obojenih antitijela. LRRIQ3 je bogat lizinskom ostacima, sa ukupno 82 lizina. Ima nešto manje glicina.
Domeni i motivi Ukupno postoje četiri konzervirana domena unutar LRRIQ3: 3 ponavljanja bogata leucinom i jedan IQ kalmodulin-vezujući motiv. Ponavljanja bogata leucinom obično su uključena u interakcije protein-protein i formiraju karakterističnu α/β potkovicu nabora. IQ motiv omogućava mjesto vezanja za kalmodulin (CaM) ili proteine slične CaM-u.
Sekundarna i tercijarna struktura Predviđeno je da je LRRIQ3 uglavnom alfa-heliksna struktura, uključujući dugi alfa-heliksni C-terminalni domen. Također je predviđeno da funkcionira kao monomer. none|thumb|Najbolji model LRRIQ3, generiran preko I-TASSERa. Tri ponavljanja bogata leucinom prikazana su u crvenoj, lososnoj i magenta boji. IQ domen koji veže kalmodulin prikazan je zelenom.|292x292px
Posttranslacijske modifikacije Predviđa se da će LRRIQ3 biti podvrgnut mnogim posttranslacionim modifikacijama. To uključuje O-GlcNAcilaciju, SUMOilacija, ubikvitinaciju i fosforilaciju. LRRIQ3 is predicted to have 4 well conserved SUMOlyation sites and 1 well conserved ubiquitination site. Prikaz ovih posttranslacijskih modifikacija je na donjoj slici. none|thumb|Representacija domena, motiva i mjesta posttranslacijske modifikacije LRRIQ3, generirana pomoću DOG 2.0.|563x563px
Interakcije proteina Postoje dokazi da LRRIQ3 stupa u interakciju s brojnim proteinima iz dvohibridni eseji i afinitetna hromatografija. Proteini sa kojima LRRIQ3 stupa u interakciju uključuju LYN, NCK2, GNB4 i ABL1. Ovi proteini povezani su sa ćelijskom signalizacijom, reorganizacijom citoskeleta i ćelijskom diferencijacijom, kao i drugim pojavama.
Homologija i evolucija
Paralozi i ortolozi Kod ljudi ne postoji paralog za LRRIQ3. Međutim, postoji veliki broj ortologa, kako navodi BLAST, od kojih su neki navedeni u nastavku. Broj godina od divergencije od ljudskog proteina, naveden u "prije miliona godina" ispod, izračunat je pomoću TimeTree. +Ortolozi ljudskog proteina LRRIQ3 (NP_001099129.1)Rod i vrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije od ljudske loze (milioni godina)Pristupni brojDužina sekvnce (aa)Identitget sekvence sa ljudskom (%)Sličnost sekvence sa ljudskomGorilla gorilla gorillaGorila9,06XP_004026030.162497%98%Macaca mulattaRezus-makak29,44XP_001097148.262393%95%Ursus maritimusPolarni medvjed96XP_008689049.162576%87%Felis catusDomaća mačka96XP_003990274.162574%86%Camelus ferusBaktrijska kamila96XP_006178380.161873%84%Oryctolagus cuniculusEvropski kunić90XP_002715603.162271%83%Bison bison bisonAmerički bizon96XP_010847739.162570%82%Trichechus manatus latirostris Morska krava105XP_004369192.162370%82%Loxodonta africanaAfrički slon105XP_003411181.162568%80%Condylura cristataZvjezdonosa krtica96XP_004679575.162767%80%Eptesicus fuscusVeliki smeđi šišmiš96XP_008137759.162166%80%Myotis davidiiVesperov šišmiš 96XP_006775977.161865%79%Rattus norvegicus Norveški pacov90NP_001019478.163362%77%Mus musculusKućni miš90NP_083214.263363%76%Sorex araneusObična verirovka96XP_004603704.161255%73%Chrysemys picta belliiObojena kornjača312XP_005285573.162440%56%Pogona vitticepsBradati zmaj (gušter)312XP_020650341.165135%54%Astryx australis mantelliSmeđi kivi312XP_013800580.166435%54%Struthio camelus australisJužna ostriga312XP_009685099.162834%51%
Klinički značaj LRRIQ3 je povezan s brojnim tipovma raka. Eksperimenti RNK-seq pokazali su da je LRRIQ3 jako smanjeno reguliran (Log2 puta promjene između –3,4 i –4,2) u brojnim bolesnim stanjima, uključujući rak gušterače, kolorektumski rak i rak dojke.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 1 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika