Francisco Núñez puede referirse a:
Francisco Núñez de Oria (), escritor y médico español; Francisco Núñez Muley, líder morisco del . Francisco Núñez Melián, gobernador de Venezuela y gobernador y capitán general de Yucatán en el ; Francisco Núñez de Pineda y Bascuñán (1607-1682), escritor y militar chileno; Francisco Núñez y Díaz, (1766-1832), sacerdote y poeta de la escuela poética sevillana; Francisco Núñez Rodríguez (1902-1972), militar español - gobernador y alto comisionado de la Guinea Española; Francisco Núñez Montes (1945-), músico y compositor mexicano. Francisco Javier Núñez Núñez (1982-), político español.