miniatura|upright=1.3|Imaxe de microscopio electrónico de varrido de Vibrio cholerae, a bacteria que causa o cólera. A teoría microbiana da enfermidade ou teoría xerminal da enfermidade é a teoría científica actualmente aceptada que explica a causa das doenzas infecciosas. Afirma que os microorganismos denominados patóxenos ou "xermes" poden causar doenzas. Estes pequenos organismos, que son demasiado pequenos para poder verse sen magnificación, invaden animais, plantas e mesmo bacterias. O seu crecemento e reprodución nos seus hóspedes pode causar doenzas. por "xerme" enténdese non só as bacterias senón calquera tipo de microorganismo, como protistas ou fungos, ou outros patóxenos, como virus, algúns parasitos, prións ou viroides. Mesmo no caso de que un patóxeno sexa a causa principal dunha doenza, os factores ambientais e hereditarios a miúdo inflúen tamén na gravidade da doenza, e en se un posible individuo hóspede vai ser infectado cando se expón a un patóxeno. Os patóxenos son axentes causantes de doenzas que poden pasar dun individuo a outro.
Formas básicas da teoría microbiana foron propostas por Girolamo Fracastoro en 1546, e ampliadas despois por Marcus von Plenciz en 1762. Porén, tales ideas eran vistas con desprezo en Europa, onde a teoría do miasma de Galeno era a dominante entre científicos e doutores.
A inicios do século XIX, a primeira vacina, a vacina da varíola, era un tema común en Europa, mais os médicos non sabían como funcionaba nin como ampliar o seu principio a outras doenzas. A finais da década de 1850 empezou un período de transición cos traballos de Louis Pasteur, que despois serían ampliados por Robert Koch na década de 1880. Ao final desa década, a teoría do miasma xa tiña dificultades para competir coa teoría microbiana ou xerminal. Os virus descubríronse na década de 1890. Finalmente, tivo lugar a "era dourada" da bacterioloxía, durante a cal a teoría xerminal levou rapidamente á identificación dos organismos que causaban moitas doenzas.
Teoría do miasma miniatura|Unha representación feita por Robert Seymour da epidemia de cólera que mostra o espallamento da enfermidade en forma de aire velenoso.
A teoría do miasma era a teoría da transmisión de enfermidades predominante antes de que a teoría xerminal se afianzase contra o final do século XIX; xa non se acepta como unha explicación correcta da orixe das enfermidades na comunidade científica. Sostén que as doenzas como o cólera, a infección por clamidias ou a peste negra eran causadas por un miasma (μίασμα, en grego antigo 'polución'), unha forma nociva de "mal aire" que emana da materia orgánica en putrefacción. Considerábase que o miasma era un vapor ou néboa velenosos que transpotaban partículas da materia en descomposición (miasmata) que eran identificables polo seu fedor. A teoría postulaba que as doenzas eran o produto de facores ambientais, como a auga contaminada, aire fedorento e condicións pouco hixiénicas. Tales infeccións, segundo a teoría, non pasaban dun individuo o outro senón que afectaban aqueles que estaban preto do lugar que deu lugar a ditos vapores.
Desenvolvemento da teoría microbiana ou xerminal Grecia e Roma Na Antigüidade, o hisoriador grego Tucídides ( – )foi a primeira persoa coñecida en escribir no seu relao da peste de Atenas que as doenzas podían espallarse dunha persoa infectada a outras.Singer, Charles and Dorothea (1917) "The scientific position of Girolamo Fracastoro [1478?–1553] with especial reference to the source, character and influence of his theory of infection," Annals of Medical History, 1 : 1–34; see p. 14. Thucydides with Richard Crawley, trans., History of the Peloponnesian War (Londres, Inglaterra: J.M. Dent & Sons, Ltd., 1910), Libro III, § 51, pp. 131–32. Nas páxinas 131–32: " … había un horrible espectáculo de homes morrendo como ovellas, por coller a infección ao coidarse uns a outros. Isto causou a maior mortalidade. Por un lado, se tiñan medo de visitarse, perecían de abandono; e, efectivamente, moitas casas quedaron baleiras dos seus doentes por falta dun coidador; por outro lado, se se aventuraban a facelo, a morte era a consecuencia."
Unha teoría do espallamento de doenzas contaxiosas que non se transmitían por contacto directo era que se espallaban por "sementes" (en latín semina) similares a esporas que estaban presentes no aire e espallábanse a través del. No seu poema De rerum natura (Sobre a natureza das cousas, ), o poeta romano Lucrecio ( – ) afirmou que o mundo contiña varias "sementes", algunhas das cales podían facer enfermar unha persoa cando se inhalaban ou inxerían.Lucretius with Rev. John S. Watson, trans., On the Nature of Things (Londres, Inglaterra: Henry G. Bohn, 1851), Libro VI, liñas 1093–1130, pp. 291–92; ver especialmente p. 292. Na páxina 292: "Esta nova doenza e peste, por tanto, ou cae repentinamente na auga ou penetra no propio cereal ou noutra comida dos homes e o gando. Ou incluso, como pode ser o caso, a infeccón queda suspendida no propio aire; e cando, ao respirarmos, inhalamos o aire mesturado con ela, debemos necesariamene absorber esas sementes da doenza no noso corpo."
O estadista romano Marco Terencio Varrón (116–27 BC) escribiu no seu Rerum rusticarum libri III (Tres libros sobre a agriculura, 36 BC): "Deben tamén tomarse precaucións nas contornas dos pantanos... porque alí críanse dertas diminutas criaturas que non se poden ver cos ollos, que flotan no aire e entran no corpo pola boca e nariz e alí causan graves doenzas."
O médico grego Galeno (AD 129 – ) especulou na súa obra Sobre as Causas Iniciais () que algúns pacientes podían ter "sementes de febre". Na súa obra Sobre os diferentes tipos de febre (), Galeno especulou que as pestes se espallaban por "certas sementes de peste", que estaban presentes no aire. E na súa obra Epidemia (), Galeno explicou que os pacientes podían recaer durante a súa recuperación da febre debido a algunhas "sementes da doenza" que axexan nos seus corpos, que causarían a reaparición da doenza se os pacientes non seguían o réxime terapéutico do médico.
Idade Media Unha forma híbrida de teoría do miasma e contaxio propúxoa o médico persa Ibn Sina (coñecido como Avicena en Europa) no seu O canon da medicina (1025). Mencionou que as persoas poden transmitir doenzas a outros polo alento, sinalou o contaxio da tuberculose, e tratou a transmisión da enfermidade pola auga e a terra.
A principios da Idade Media, Isidoro de Sevilla (–636) mencionou as "sementes que portan as pestes" (pestifera semina) na súa obra Sobre a natureza das cousas (). Posteriormente, en 1345, Tommaso del Garbo (–1370) de Bologna, Italia mencionou as "sementes da peste" de Galeno na súa obra Commentaria non-parum utilia in libros Galeni (Útiles comentarios sobre os libros de Galeno).
O reformador relixioso do século XVI Martín Lutero parece que tiña algunha idea da teoría do contaxio, comentando o seguinte: "eu sobrevivín a tres pestes e visitei varias persoas que tiñan dúas manchas da peste que toquei. Pero iso non me causou dano, grazas a Deus. Despois, cando tornei a casa, collín no colo a Margaret," (nacida en 1534), "que era entón un bebé, e puxen as miñas mans sen lavar na súa face, porque o esquecera; doutro modo non o tería feito, o cal tería sido tentar a Deus." En 1546, o médico italiano Girolamo Fracastoro publicou De Contagione et Contagiosis Morbis (Sobre o contacio e as doenzas contaxiosas), un conxunto de tres libros que tratan da natureza das doenzas contaxiosas, a categorización dos principais patóxenos e as teorías sobre a prevención e tratamento destas condicións. Fracastoro culpaba as "sementes de doenzas" que se propagaban polo contacto directo cun hóspede infectado, o contacto directo cos fómites (obxectos contaminados), ou a través de partículas que estaban no aire.
O período moderno inicial En 1668, o médico italiano Francesco Redi publicou probas experimentais que rexeitaban a xeración espontánea, a teoría que consideraba que as criaturas vivas se orixinaban da materia non viva. El observou que os vermes (larvas) só se orixinaban na carne podre que estaba nun recipiente sen tapar. Cando a carne se deixaba en recipientes cubertos por unha gasa, os vermes aparecían na superficie da gasa, e comprendeu posteriormente que o cheiro da carne podre que se filtraba pola gasa atraía moscas que poñían alí ovos dos que nacían as larvas.
Os microorganismos foron ollados por primeira vez directamente cun primitivo microscopio na década de 1670 por Anton van Leeuwenhoek, un pioneiro da microbioloxía. Considérase que Leeuwenhoek foi o primeiro que viu e describiu bacterias en 1674, células de lévedos, as formas de vida que bolen nunha pinga de auga (como algas e protozoos), e os glóbulos vermellos circulando nos capilares sanguíneos. A palabra "bacteria" aínda non existía daquela, así que chamou a estes organismos vivos "animálculos", que significa "animaliños". Aqueles "animálculos moi pequenos" conseguinos illar de diferentes fontes, como auga da chuvia, lagoas, auga de pozo ou a boca e o intestino humanos.
Porén, o crego xesuíta e erudito alemán Athanasius Kircher (historicamente ás veces mal escrito como "Kirchner") pode que observase microorganismos antes. Un dos seus libros escrito en 1646 contén un capítulo en latín que traducido di así: "En canto á marabillosa estrutura das cousas da natureza, investigadas con miroscopio...quen crería que o vinagre e o leite están cheos dunha innumerable multitude de vermes?" Kircher definiu os organismos invisibles que se atopan nos corpos en descomposición, carne, leite e secrecións como "vermes". Os seus estudos co microscopio fixérono pensar que a doenza e a putrefacción eran causadas pola presenza de corpos vivos invisibles a simple vista, o cal foi posiblemente el o primeiro e soster, escribindo que "un número de cousas poderían descubrirse no sangue de pacientes con febre". Cando Roma foi azoutada pola peste bubónica en 1656, Kircher investigou o sangue das vítimas da peste co microscopio. Observou a presenza de "pequenos vermes" ou "animálculos" no sangue e concluíu que a doenza era causada por microorganismos.
Kircher foi o primeiro en atribuír as doenzas infecciosas a un patóxeno microscópico, elaborando a teoría xerminal da enfermidade, que perfilou na súa obra Scrutinium Physico-Medicum, publicada en Roma en 1658. A conclusión de Kircher de que os microorganismos eran os causantes das doenzas era correcta, aínda que é probable que o que el viu ao microscopio fosen en realidade glóbulos vermellos ou brancos do sangue e non o axente da peste. Kircher tamén propuxo medidas hixiénicas para impedir o espallamento da enfermidade, como o illamento e a corentena, queimar as roupas usadas polos infectados, e usar máscaras para impedir a inhalación dos xermes. Foi, pois, Kircher o primeiro que propuxo que seres vivos podían entrar e existir no sangue.
No século XVIII fixéronse máis propostas, pero costáballes moito gañar aceptación. En 1700, o médico Nicolas Andry argumentou que os microorganismos que el chamou "vermes" eran os responsables da varíola e outras doenzas. En 1720, Richard Bradley teorizou que a peste e "todos os trastornos pestilentes" eran causados por "insectos velenosos", criaturas vivas que só son visibles coa axuda dun microscopio.
En 1762, o médico austríaco Marcus Antonius von Plenciz (1705–1786) publicou un libro titulado Opera medico-physica. Alí esboza unha teoría do contaxio, afirmando que os causantes de doenzas específicas eran animálculos específicos do solo e o aire. Von Plenciz sinalou a distinción entre doenzas que son epidémicas e contaxiosas (como o sarampelo e a disentería), e doenzas que son contaxiosas pero non epidémicas (como a rabia e a lepra). O libro cita a Anton van Leeuwenhoek para mostrar o ubicuos que son os animálculos e foi o único en describir a presenza de xermes nas feridas ulceradas. Ao final, a comunidade científica non aceptaría a teoría exposta por von Plenciz.