Carriera universitaria Klubnik si iscrisse in anticipo a Clemson nel gennaio 2022. Nel corso della sua prima stagione fu schierato principalmente come riserva di DJ Uiagalelei. Nella prima partita contro Georgia Tech nel 2022, passò 49 yard e un touchdown. Dopo che Uiagalelei fu messo in panchina contro Syracuse portò Clemson alla vittoria in rimonta per 27–21.
Nella finale dell'Atlantic Coast Conference entrò nella terza serie al posto Uiagalelei di nuovo spostato in panchina. In quella partita passò 279 yard e un touchdown nella vittoria per 39–10 su North Carolina, venendo premiato come miglior giocatore dell'incontro. Fu poi titolare nell'Orange Bowl contro Tennessee dopo che Uiagalelei aveva annunciato che avrebbe cambiato istituto. Contro i Volunteers fu costantemente pressato dalla difesa avversaria, guidando diverse volte la squadra ad avere la possibilità di segnare, ma senza riuscirvi. Chiuse con 4 sack subiti, con 320 yard passate e 2 intercetti subiti nella sconfitta per 31–14.
Nel 2023 Klubnik giocò tutte le 13 partite, con 2.844 yard passate, 19 touchdown e 9 intercetti. La sua miglior stagione nel college football fu quella del 2024, in cui passò 36 touchdown a fronte di soli 6 intercetti, oltre a 7 touchdown su corsa, con i Tigers che ebbero un record di 10-4. Nel 2025 Clemson scese a un bilancio di 7-5, con il quarterback che terminò con 16 touchdown e 6 intercetti in 12 presenze, tutte come titolare.
Carriera professionistica New York Jets Klubnik fu scelto dai New York Jets nel corso del quarto giro (110º assoluto) del Draft NFL 2026.
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