Втората светска војна на територијата на Хрватска и Босна и Херцеговина, кои биле поделени на германска и италијанска сфера на интереси, траела од 1941 година до 1945 година. Војната на територијата на цела Југославија главно може да се подели во 3 фази:
во 1-та фаза, комунистите кренале масовно востание против фашистичкиот окупатор во Србија и Црна Гора. Востанието било задушено до крајот на 1941 година. во 2-та фаза, која трае до приближувањето на советската армија кон границите на Југославија во средината на 1944 година, партизанската војска водела претежно исцрпувачка герилска војна на територијата на Хрватска и Босна и Херцеговина. Освен германските и италијанските единици, главни непријатели биле воените единици на НДХ и четниците на Дража Михаиловиќ. во 3-та фаза, поддржана од советската армија, Титовата југословенска војска ги спроведила последните операции за уништување на спротивставените сили и целосно доминирала на територијата на Југославија. На крајот на војната, која и самата била крвава, Титовата комунистичка армија извршила масовно воено злосторство на спротивставените сили и нивните семејства, како и на цивилите кои се повлекувале со поразените сили.
Бројките за бројот на војници и цивили кои се убиени на овој начин варираат и се движат од 80.000 до 250.000. Меѓу нив, најголем дел од жртвите биле Хрвати, над две третини. По крвавата пресметка била воспоставена комунистичката тоталитарна диктатура, со КПЈ како единствен политички субјект и Јосип Броз Тито како недопирлив диктатор.
Спротивставени сили
окупаторски фашистички трупи, засилени со домашната Стража и усташките сили на територијата на самата марионетска НДХ, во која биле вклучени Хрватска и Босна и Херцеговина, со практиката и програмата на погроми и геноцид врз Србите, Ромите и Евреите. Српски четнички трупи, со упориште во Србија и делови од НДХ со мнозинско српско население, со номинална цел за повторно воспоставување на Кралството Југославија, како и практика и програма на погроми и геноцид врз Хрватите и босанските муслимани. силите на Комунистичката партија на Југославија, со програма за воспоставување на Југославија како федерална држава составена од национални републики (освен БИХ, која била замислена како тринационална држава) и социјална револуција заснована на советскиот сталинистички модел. Партизаните (како што набрзо станале познати комунистите) станале најефикасните борци против германските и италијанските трупи и нивните сојузници.
Независна Држава Хрватска лево|мини| Хрватски народ, 10 април 1941 година мини|Независна Држава Хрватска, поделба на големи парохии и области од 1941 година. до 1943 година Поради внатрешните слабости во Априлската војна во 1941 г. Силите на Оската (Германија, Италија, Унгарија и Бугарија) ја поразиле првата Југославија за само 12 дена војна и ја разбиле таа скриена големосрпска креација во нејзините историски и етнички компоненти. Со помош на Германија и Италија била прогласена, на 10-ти април 1941 година, Независната Држава Хрватска, со седиште во Загреб, и Босна и Херцеговина, исто така, ѝ се приклучиле, врз основа на историски, етнички и културни причини. Според хрватското гледиште, Босна и Херцеговина и Хрватска сочинуваат еден геополитички ентитет, тие биле дел од Хрватското, потоа Хрватско-унгарското кралство во средниот век, а од 1878 година, односно во 1908 година, тие биле во иста земја, Австро-Унгарија. Покрај тоа, БИХ гравитирала кон запад и Хрватска во однос на сообраќајот и културата. Голем дел од муслиманите сè уште се сметале за Хрвати со исламска вероисповед, бидејќи во тоа време процесот на нивното национално созревање и политичка интеграција сè уште не бил завршен.
НДХ, новата држава на хрватскиот народ, како што ја нарекувале нејзините основачи, ја опфаќала областа што некогаш била дел од Кралството Хрватска, во времето на Томислав и Петар Крешимир IV, или, поточно, она што во периодот на Твртко бил дел од Кралството Босна. Во НДХ, внатрешната поделба се вршела според жупании, кое претставува историски хрватски систем, т.е. на големи парохии, кои биле именувани по имињата на административните единици од средновековното хрватско и босанско кралство. Во Босна и Херцеговина тие биле: Врхбосна со седиште во Сараево, Хум во Мостар, Усора и Соли во Тузла, Сана и Лука во Бања Лука, Лашва и Глаж во Травник, Крбава и Псат на Бихаќ. Бања Лука, во Босна, била планирана како главен град, како географски центар на целата независна држава Хрватска. Треба да се напомене дека административната моќ на Независната Држава Хрватска, исто така, ги укинала отоманските и австроунгарските граници на Босна и Херцеговина, поделувајќи ја на големи парохии, со што ја поврзала и изедначила областа на самата Хрватска со онаа на Босна и Херцеговина. Така, на пример, областа Гора (Петриња) ја преминувала Уна, Ливач и Запоље (Нова Градишка) и Посавје (Брод) ја преминувала Сава и имале неколку окрузи на босанската страна.
Идејата за хрватската држава, кон која се стремел хрватскиот народ и која се манифестирала со чинот на прогласување на НДХ, имала длабоки корени во желбата за независност и слобода, силно зацврстена со страдањата и прогонот под големосрпскиот режим на Кралството Југославија. По иронијата на судбината, оваа идеја многу бргу била предадена од самиот Павелиќ, со предавството и продажбата на хрватските историски земји во Далмација на фашистичка Италија, како и од геноцидната политика на неговиот режим, кој, како следбеник на новиот Хитлер и неговиот поредок од кој бил зависен, започнал прогон на Евреите и Ромите и ја искористил можноста да се пресмета со Србите. Во случајот со српското население, оваа задача била „олесна“ со спорадичните масакри што групите на големосрпските ројалисти-четници и други терористички групи ги извршиле врз хрватското население во периодот на немоќ пред прогласувањето на НДХ,HercegBosna.org, Srce tame (1941. - 1945.) како и по прогласувањето на НДХ.
Демаркациска линија во НДХ мини|Демаркациска линија меѓу Германците и Италијанците во Независна Држава Хрватска Католичките Хрвати и муслиманите во Босна и Херцеговина набргу се самоорганизирале и се вооружиле за да се заштитат од четничкото насилство. Властите на Независната Држава Хрватска извршиле регрутирање, почнале да организираат редовна армија и да ги зајакнуваат доброволните (усташки) единици и да ги испраќаат во загрозените области, главно во источна Босна (Подриње). Четничките востанија предизвикале недоверба и општ прогон на Србите, па значителен дел избегале во Србија или се повлекле во планините, а некои биле интернирани во логори. Кај нив биле испратени заробени четници и хрватски комунисти, како политички противници на новата држава, но и многу невини луѓе само затоа што припаѓале на еврејска, ромска или српска етничка припадност.
Нацистичка Германија и Гашистичка Италија ја третирале Независната Држава Хрватска како своја сателитска држава, па ја поделиле на две зони на интерес. Италија во својата зона присвоила 100-120 километри територија од брегот на Јадранското Море кон внатрешноста, а остатокот од таму до реките Дрина, Драва и Дунав бил под германска власт. Демаркациската линија на таа поделба се движела на југ од Самобор до Јајце, Бугојно и Горажде на Дрина. Така, Босна и Херцеговина била поделена така што западниот дел на Босна и цела Херцеговина биле под италијанска власт, а остатокот од Босна бил под германска индиректна окупација.
Подготовки на КПЈ за востанието Организацијата на Комунистичката партија на Југославија во БИХ започнала интензивни подготовки за вооружената ослободителна борба по консултациите на Централниот комитет на КПЈ во мај 1941 година. Во првата половина на мај бил формиран Воен комитет при Покраинскиот комитет на КПЈ за БиХ, а потоа воени комитети при регионалните и пониските раководства на КПЈ, кои организирале собирање оружје, подготвувале персонал за вооружена борба, организирале разузнавачката служба, медицински курсеви и слично. Во тоа време, покраинската организација на КПЈ во БИХ броела околу 830 членови, а СКОЈ околу 4.000 од нив. Главниот дел од членството на КПЈ и СКОЈ бил од Сараево, Тузла, Мостар, Бања Лука, Зеница и Дрвар.
Одлуките на ЦК на КПЈ од 4 јули 1941 година му го пренел на Покраинскиот комитет на КПЈ за БиХ за започнување на вооружената ослободителна борба на Делегатот на Централниот комитет на КПЈ Светозар Вукмановиќ - Темпо. Било констатирано дека прогонуваното српско население е подготвено да го прифати повикот на КПЈ за востание, но било одлучено и да се направи се за да се вклучат и Хрватите во борбата. Било одлучено да се формираат регионални воени штабови под претходните партиски регионални раководства (Бања Лука - Босна Краина и средна Босна, Тузла - источна Босна, Мостар - Херцеговина, Сараево - пошироко подрачје) како раководни центри на востанието. Во центарот, во Сараево, бил испратен секретарот на КПЈ за БиХ Иса Јовановиќ, во Бања Лука Ѓуро Пучар, во Тузла Углеша Даниловиќ и во Мостар Авдо Хумо.
Востание на Србите во Источна Херцеговина мини|Недостигот од механизација бил еден од клучните проблеми на Хрватската домашна стража (Домобранство) Главната улога на хрватската регуларна армија во првите месеци од војната била воспоставување влада во сите делови на НДХ и обезбедување на ненарушен јавен и приватен живот во новата држава заедно со полицијата. Со текот на времето, четничкото движење, а подоцна и партизанското движење, се проширило на територијата на источна Босна, кое се проширило и на пошироки области. Задачата на хрватската домашна стража била да се справи со бунтовниците, да го конфискува целото оружје што го поседувале илегално и да воспостави јавен ред во тие области. Новата и релативно неискусна армија го задушила српскиот бунт во источна Херцеговина во јуни, а веќе во јули се борело во источна и западна Босна.
Според некои историчари, востанието против НДХ во Источна Херцеговина било предизвикано токму од теророт на „дивите усташи“ под водство на усташите кои се враќале. Поради тешката ситуација предизвикана од востанието, Министерството за домашна одбрана ги испратил во Херцеговина генералите Владимир Лакса и Иван Прпиќ со овластување да го задушат востанието и да го воспостават редот, вклучително и да ги дисциплинират на „дивите усташи“. Некои веруваат дека востанието во источна Херцеговина во 1941година било како последица на дејствувањето на четничкото движење кое било поддржано од италијанските воени власти и дека појавата на „дивите усташи“ била реакција на таквата состојба. До крајот на 1941 година, Хрватската домашна стража веќе била прилично добро вооружена и организирана воена сила.
Четнички масакри врз Хрватите Поради големосрпскиот притисок за Кралството Југославија, но и поради тогашното чувство на припадност на хрватскиот народ, одреден број муслимани првично го поддржале создавањето на Независна Држава Хрватска, се приклучиле на нејзините владини органи, министерствата и командите и влегле во персоналот на редовната и волонтерската армија. Бидејќи имало силни четнички организации во Босна и Херцеговина, како и во Хрватска, поддржани од Белград, тие го поздравиле формирањето на Бановина Хрватска, а уште повеќе прогласувањето на независна држава Хрватска, со повикот: „Србите заедно“. Државата не се консолидирала, во Херцеговина и Подриње започнале прогонства и масакри на Хрватите и муслиманите.