СРСР поставив Литві ультиматум до півночі 14 червня 1940 року. Ради, використовуючи формальний привід, вимагали дозволу на територію Литви невстановленій кількості радянських солдатів і формування нового прорадянського уряду (згодом відомого як " Народний уряд "). Ультиматум і подальша інкорпорація Литви до складу Радянського Союзу випливали з поділу Східної Європи на німецьку та радянську сфери впливу, погодженого в пакті Молотова – Ріббентропа від серпня 1939 року. Литва разом з Латвією та Естонією потрапила до радянської сфери. Відповідно до радянсько-литовського Договору про взаємодопомогу від жовтня 1939 р. Литва погодилася дозволити близько 20 000 радянських військ розміщуватись на базах у Литві в обмін на отримання частини Вільнюської області (раніше польської території). Подальші дії СРСР щодо встановлення його домінування у сфері впливу були затримані зимовою війною з Фінляндією і відновлені навесні 1940 року, коли Німеччина швидко зростала в Західній Європі. Незважаючи на загрозу незалежности країни, влада Литви мало робила для планування непередбачених ситуацій і не була готова до ультиматуму.

Оскільки радянські війська вже розміщувались у країні відповідно до Договору про взаємну допомогу, було неможливо здійснити ефективний військовий опір. Lane (2001), pp. 37–38 15 червня Литва беззастережно прийняла ультиматум і втратила незалежність. Ради прагнули показати світові, що це не військова окупація та анексія, а соціалістична революція, ініційована місцевим населенням з вимогою приєднатися до Радянського Союзу. Vardys (1997), p. 50 Відповідно до цього Ради дотримувалися напівзаконних процедур: вони взяли під контроль урядові установи, створили маріонетковий уряд і провели показові вибори до Народного сейму. Під час першої сесії Сейм проголосив створення Литовської Радянської Соціалістичної Республіки та подав клопотання про прийняття до складу Радянського Союзу. Петиція була офіційно прийнята Верховною Радою Радянського Союзу 3 серпня 1940 року. Водночас майже однакові процеси відбувалися в Латвії та Естонії. Литва не відновить свою незалежність до проголошення Акту про відновлення Держави Литва 11 березня 1990 року.

Передумови Прибалтійські держави Литва, Латвія та Естонія були частиною Російської імперії протягом XIX століття, досягнувши незалежности після Першої світової війни. Підйом нацистської Німеччини протягом 30-х років породив радянський страх перед німецьким вторгненням ще більше посилюється експансією Німеччини на Схід, наприклад, ультиматумом Литві в березні 1939 р., у результаті якого нація була змушена поступитися найбільш промислово розвинений регіон, Клайпеда, до Рейху.

СРСР підписав Пакт Молотова – Ріббентропа з Німеччиною в серпні 1939 р., частково як спробу відкласти можливість вторгнення. Німеччина незабаром ініціювала Другу світову війну, вторгшись у Польщу 1 вересня. Спочатку було встановлено, що Литва перебуває у зоні впливу нацистської Німеччини згідно з секретним протоколом пакту Молотова – Ріббентропа, але пізніше Німецько-радянський договір про межу та дружбу від 28 вересня розділив між двома державами великі частини північно-східної Європи і призначив Литва до радянської сфери впливу. Eidintas (1999), p. 170 Литовська делегація була запрошена до Москви, де 10 жовтня 1939 року вона підписала Радянсько-литовський договір про взаємодопомогу. Згідно з договором, СРСР поступився Литві частиною Вільнюського регіону, включаючи важливе місто Вільнюс, яке він отримав під час вторгнення до Польщі, в обмін на право розміщення до 20 000 (оригінальні торги) було 50 000) радянські війська в Литві на постійній основі. Snyder (2004), p. 82 Офіційні радянські джерела стверджували, що присутність радянських військових необхідна для посилення оборони слабкої нації від можливих нападів нацистської Німеччини. Насправді це був перший крок до можливої окупації Литви, який The New York Times описав як "віртуальну жертву незалежности".

Попри пакти, побоювання Радянського Союзу продовжувались. У позиції, яку тривали російські військові теоретики, контроль над Балтійським морем був вирішальним для оборони Санкт-Петербурга, другого за величиною міста Радянського Союзу а країни Балтії пропонували буферну зону між Радянським Союзом та Німеччиною. Виконуючи цю стратегію, СРСР ініціював зимову війну у Фінляндії після того, як ця країна відхилила подібний договір про взаємну допомогу, запропонований Москвою. Shtromas (2003), p. 246 Сталін був роздратований успіхами Німеччини в Європі, оскільки вони взяли Данію, Норвегію, Нідерланди, Бельгію та Люксембург до весни 1940 р. За словами Микити Хрущова, після падіння Франції в травні Йосип Сталін висловив занепокоєння тим, що Адольф Гітлер "заб'є нам мізки".

Однак політична ситуація в Литві залишалася стабільною в період з жовтня 1939 року по березень 1940 року. Ради не втручалися у внутрішні справи Литви Vardys (1997), p. 47 а радянські солдати добре поводились у своїх базах. Sabaliūnas (1972), p. 158 Ще 29 березня 1940 р. Міністр закордонних справ В'ячеслав Молотов виступив з промовою перед Верховною Радою Радянського Союзу, висловивши своє задоволення виконанням договорів про взаємодопомогу з Литвою, Латвією та Естонією. Eidintas (1999), p. 174 Хоча литовські політики публічно хвалили СРСР за його щедрість і висловлювали "традиційну радянсько-литовську дружбу", приватно вони розуміли, що цей договір є серйозною загрозою незалежности Литви. Sabaliūnas (1972), pp. 156–157 Популярне ставлення було відображено у гаслі «Вільнюс - mūsų, Lietuva - rus ru» (Вільнюс - це наш, а Литва - це Росія). Anušauskas (2005), p. 43

Литовський уряд обговорював свої варіанти та обговорював можливість окупації з листопада 1939 року. Тоді литовські посланники Стасіс Лозорайтіс, Петрас Клімас і Броній Казис Балутіс підготували меморандум, що містив плани на випадок непередбачених ситуацій. Вони порадили посилити армію, внести кошти за кордон, зміцнити союз Антанти з Латвією та Естонією в 1934 р. Та розслідувати питання створення уряду в еміграції. Anušauskas (2005), p. 50 Незважаючи на те, що були передані різні резолюції, нічого відчутного так і не було досягнуто. Взимку 1940 р. Країни Балтійської Антанти обговорювали питання більшого співробітництва. Rauch (2006), p. 217 Враховуючи свої обставини, три уряди ретельно формулювали свої повідомлення Misiunas (1993), p. 17 але переговори могли б бути використані як доказ того, що Литва змовилася з Латвією та Естонією, порушуючи договір про взаємну допомогу.

Підвищення напруги

Початкові звинувачення Напруга між Радянським Союзом та Литвою наростала разом із успіхами Німеччини. До середини березня 1940 року Зимова війна з Фінляндією закінчилася, і Ради могли зосередити свою увагу на отриманні контролю над країнами Балтії. Anušauskas (2005), p. 52 У квітні, після того як Німеччина окупувала Данію, литовський посланник у Москві повідомив про зростання ворожості з боку російських дипломатів. Протягом травня, коли битва за Францію була в самому розпалі, Ради посилили свою риторику та дипломатичний тиск. 16 травня, незабаром після вторгнення Німеччини до Люксембургу, Бельгії та Нідерландів, радянська офіційна газета " Известия" опублікувала статтю, в якій застережено, що маленькій країні було наївно намагатися нейтралітету, поки гіганти боролися за виживання. Rauch (2006), p. 218 У період з 18 по 25 травня російські солдати перевезли частину військової техніки з Вільнюса в Гайцюнай - місце, розташоване набагато ближче до урядового місця в Каунасі. Близькість дії до тодішньої столиці мала символічну вагу.Senn (2007), p. 90

25 травня, за день до евакуації з Дюнкерка, міністр закордонних справ СРСР В'ячеслав Молотов представив дипломатичну ноту, в якій звинуватив уряд Литви у викраденні трьох радянських солдатів, дислокованих у Литві, відповідно до умов договору про взаємодопомогу. Misiunas (1993), p. 18 У записці зазначається, що двох солдатів піддавали тортурам для отримання російської військової таємниці, але їм вдалося врятуватися, а третього, Бутаєва, було вбито. Раніше в травні Бутаєв покинув свій підрозділ, і його обшукала литовська поліція. Коли його знайшли, він покінчив життя самогубством. Литовський уряд відповів, що звинувачення безпідставні, але пообіцяв провести повне розслідування інциденту та скликав спеціальну комісію. Однак запити комісії щодо детальної інформації, включаючи інтерв’ю, фотографії, фізичні описи чи інші дані, які могли б сприяти розслідуванню, залишились без відповіді. Офіційна позиція СРСР полягала в тому, що Литва повинна проводити розслідування самостійно і що її прохання є спробою перекласти відповідальність на росіян.

Прямі переговори 30 травня звинувачення були переглянуті в офіційному комюніке, опублікованому ТАСС, офіційним радянським інформаційним агентством. Senn (2007), p. 91 Того ж дня Стасіс Лозорайтіс - литовський посланник у Римі - був уповноважений сформувати уряд у вигнанні на випадок радянської окупації. Литовська поліція посилила безпеку навколо радянських баз і заарештувала 272 підозрілих осіб, але це лише викликало додаткову критику переслідування. Міністр закордонних справ Юозас Урбшис запропонував врегулювати це питання на прямих переговорах у Москві. Молотов погодився поговорити, але лише з прем'єр-міністром Антанасом Меркісом. 7 червня Меркіс прибув до Москви. Ради повторили звинувачення у викраденні. Було висунуто й інші звинувачення, зокрема твердження про те, що міністр внутрішніх справ Казис Скучас і директор Департаменту державної безпеки Августинас Повілайтіс провокували російських солдатів. Senn (2007), p. 92 Під час другої зустрічі 9 червня Молотов також звинуватив уряд Литви у змові з Латвією та Естонією щодо створення таємного військового союзу (стосовно Балтійської Антанти ), тим самим порушивши пакт про взаємодопомогу. Rauch (2006), p. 219

10 червня уряд Литви обговорив нові події. Суд вирішив, що Меркіс повинен повернутися в Каунас, а Урбшис повинен надіслати ноту із пропозицією про вихід з Балтійської Антанти, повне розслідування інциденту та звільнення Скучаса та Повілайтіса. Anušauskas (2005), p. 54 В особистому листі президента Антанаса Сметони до голови Президії Верховної Ради Михайла Калініна повторюються запевнення, що Литва завжди шанує пакт про взаємодопомогу. Sabaliūnas (1972), p. 178 Третя, остання зустріч Мерких, Урбшиса та Молотова 11 червня не принесла жодної резолюції. Ради продовжували пред'являти звинувачення, на які литовці не могли суттєво відповісти і більше не подавали жодних прохань, що підлягають дії. 12 червня Меркис повернувся до Литви та повідомив уряд про ситуацію. Sabaliūnas (1972), p. 179 Було вирішено, що Скучас повинен подати у відставку, і Повілайтіс буде негайно звільнений. Литовській армії було наказано бути напоготові, але жодних наказів щодо мобілізації чи готовности не видавали. Литовські політики не повністю розуміли тяжкість ситуації і не думали, що результати будуть катастрофічними. Урбшис повідомляв, що Ради категорично не схвалювали Меркиса та його кабінет; він запропонував створити новий уряд, можливо, очолюваний Стасисом Раштікісом, колишнім головнокомандувачем литовської армії. Senn (2007), p. 94 Така пропозиція заважала внутрішнім справам Литви.

Внутрішня криза