TMEM260 je protein koji jr kod ljudi kodiran genom TMEM260 . TMEM260 poznat je i kao UPF0679, c14orf101 i FLJ0392, a njegova funkcija još uvijek nije dovoljno poznata.
Gen Lokacija
TMEM260 se nalazi na traci 22.3, na kratkom (p) krku ljudskog hromoaoma 14. Genomska sekvenca započinje na 56.955.072 bp i završava na 57.117.324 bp, a veličina enoma je 162.253 bp. Veličina iRNK za TMEM260 je 4.278 bp. i sastoji se od 15 egzona.
Kloniranje i ekspresija Ta-Shma et al. (2017) klonirali su dvije glavne varijante prerade ljudskog TMEM260 koje su se razlikovale po 5-prim-egzonu. Analizom baze podataka identificirali su moguće dodatne varijante prerade TMEM260. Dva glavna transkripta kodiraju zaključene proteine od 707 i 409 aminokiselina. Obje izoforme imaju po pet predviđenih transmembranskih domena i DUF2723 domen, ali duža izoforma ima C-terminalni domen upredene zavojnice, koja nedostaje u kratkoj izoformi. RT-PCR analiza pokazala je ekspresiju dvba glavna transkripta u mozgu, srcu, bubrezima, jetri, plućima, gušterači i posteljici, ali ne i u skeletnim mišićima. U mišjim transficiranim ćelijama Neuro2a, duga izoforma bila je eksprimirana u citoplazmi, s koncentracijom blizu plazmamembrane, dok je kraća izoforma bila uglavnom perijedarna. Činilo se da je TMEM260 gotovo sveprisutan tokom evolucije kičmenjaka.
Molekulska genetika U črtero oboljele djece iz dvije nepovezane porodice srodnika sa strukturnim srčanim mahanama i sindromom bubrežnih anomalija (SHDRA), Ta-Shma et al. (2017) identificirali su homozigotnost za besmislenu mutaciju (Q465X) i 4-bp deleciju u genu TMEM260.
Gensko susjedstvo U susjedstvu TMEM260 postoje još četiri gena. Dva leže uzvodno od TMEM260, uključujući LINC00520, koji je dugi intergenski gen protein nekodirajuče RNK, gen 520 i PELI2 koji je gen dvije ubikvitinske proteinske ligaze pelino E3. Dolje nizvodno je jedan pseudogen, RPL36AP1 i gen OTX2, koji je ortodentni homeoboks gen 2.
Konzervirani domeni TMEM260 sadrži jedan konzervirani domen, DUF2723. Domen DUF2723 je konzerviran unatrag do bakterija i njegova funkcija nije poznata.
Homologija TMEM260 je konzerviran u mnogim vrstama. Ortolozi mogu naći se u svim eukariotima, kod Viridiplantae, gljiva, protista, bakterija i eubakterija. Još nisu pronađeni paralozi.
Izoforme Postoje dvije poznate izoforme za TMEM260, koje se proizvode alternativnom preradom. Njihovi uniprot ID-ovi su Q9NX78-1 i Q9NX78-2. Izoforma 1 sastoji se od svih 707 aminokiselina u cijeloj proteinskoj sekvenci, koja se sastoji od 15 egzona. Izoform 2 je spojen na aminokiselinu 286 sa 3' krajnjim, tako da u sekvenci sadrži samo prvih sedam egzona. Teška je samo 30.707 Da.
Protein Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 707 aminokiselina, a molekulska težina 79.536 Da.
1020304050 MSPHGDGRGQAQGRAVRVGLRRSGGIRGGVAVFAAVAAVFTFTLPPSVPG GDSGELITAAHELGVAHPPGYPLFTLVAKLAITLFPFGSIAYRVNLLCGL FGAVAASLLFFTVFRLSGSSAGGILAAGVFSFSRLTWQWSIAAEVFSLNN LFVGLLMALTVHFEEAATAKERSKVAKIGAFCCGLSLCNQHTIILYVLCI IPWILFQLLKKKELSLGSLLKLSLYFSAGLLPYVHLPISSYLNHARWTWG DQTTLQGFLTHFLREEYGTFSLAKSEIGSSMSEILLSQVTNMRTELSFNI QALAVCANICLATKDRQNPSLVWLFTGMFCIYSLFFAWRANLDISKPLFM GVVERFWMQSNAVVAVLAGIGLAAVVSETNRVLNSNGLQCLEWLSATLFV VYQIYSNYSVCDQRTNYVIDKFAKNLLTSMPHDAIILLRGDLPGNSLRYM HYCEGLRPDISLVDQEMMTYEWYLPKMAKHLPGVNFPGNRWNPVEGILPS GMVTFNLYHFLEVNKQKETFVCIGIHEGDPTWKKNYSLWPWGSCDKLVPL EIVFNPEEWIKLTKSIYNWTEEYGRFDPSSWESVANEEMWQARMKTPFFI FNLAETAHMPSKVKAQLYAQAYDLYKEIVYLQKEHPVNWHKNYAIACERM LRLQARDADPEVLLSETIRHFRLYSQKAPNDPQQADILGALKHLRKELQS LRNRKNV Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Opća svojstva
Protein TMEM260 sastoji se od 707 aminokiselina s predviđenom molekulskom težinom od 79.536 Da. Protein ima izoelektričnu tačku od 8,4. TMEM260 je membranski protein s više prolaza koji uključuje osam spiralnih transmembranskih domena.
Konzervacija Aminokiselinska sekvenca za TMEM260 je visoko konzervirana u sisara, sa približno 86% do 100% sličnosti sekvence. Ptice, žabe i gušteri također imaju visok stepen sličnosti sa sekvencom ljudskog TMEM260, sa sličnostima između 76% i 83%. Ribe imaju sličnosti u sekvenci između 56% i 66%. Alge imaju oko 52% sličnosti sekvenci, dok diatomeje imaju samo 39%. Iako sisari sadrže vrlo visok stupanj sličnosti sekvenci, a druge životinje pokazuju prilično visok stupanj sličnosti, druge vrste, poput algi, diatomeje i bakterije imaju praznine i krnji 3' kraj. Segment sekvence TMEM260 koji je visoko konzerviran u organizmima još u vrijeme algi, dijatomeja i bakterija je konzervirani domen DUF2723.
Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristuoni broj bazi podataka BLAST Dužina sekvence (aminokiseline) Identitet sekvence sa ljudskim proteinom Slilnost sekvence sa ljudskim proteinom Homo sapiens Čovjek NP_060269 707 Pan troglodytes Čimpanza XP_522861 707 99% 99% Canis familiaris Pas XP_003930546 707 91% 95% Loxodonta africana Slon XP_00340871 707 90% 94% Mus musculus Miš NP_76188 707 82% 90% Ornithorhynchus anatinus Kljunar XP_001520783 549 75% 86% Taeniopygia guttata Zebra sta zeba XP_00200425 705 71% 83% Xenopus tropicalisŽaba XP _002933788 687 66% 81% Anolis carolinensis Gušter XP_003228513 730 65% 76% Danio rerio Zebrica XP_688103 740 48% 66% Guillardia theta Alga EKX49772 733 36% 52% Thalassiosira pseudonana Diatomeja XP_972174.2 716 25% 39%
Posttraslacijske modifikacije Protein TMEM260 prolazi kroz nekoliko različitih tipova posttranslacijskih modifikacija. Tu spadaju N-kraj acetilacija, N-glikozilacija i fosforilacija.
Životinjski model Ta-Shma et al. (2017) izvijestili su da zebricin tmem260 kodira jedan protein koji odgovara dugoj izoformi ljudskog TMEM260. Koristeći morfolinose koji blokiraju translaciju, otkrili su da je obaranje tmem260 u 3,5 dana postfertilizacije (dpf) zebrici smanjilo veličinu optičke tekte i broj intertektnih neurona, koji služe kao zamjena za veličinu glave, odnosno corpus callosum. Koinjekcija duge izoforme ljudskog TMEM260 i, u manjoj mjeri, kratke izoforme, značajno je spasila ove abnormalnosti. Primijetili su da je destrukcija tmem260 također rezultirala perikardnim edemom, defektom bubrežne filtracije i tupim prsnim perajama na dozno ovisan način, kao i smanjenom bubrežnom konvolucijom pri visokim dozama. Međutim, autori nisu uspjeli spasiti ove fenotipove pa se nisu mogli uvjeriti u njihovu specifičnost. Delecija tmem260 putem CRISPR/Cas9 rezultirala je sličnim nedostacima kod zebrice od 3,5 dpf.Ta-Shma, A., Khan, T. N., Vivante, A., Willer, J. R., Matak, P., Jalas, C., Pode-Shakked, B., Salem, Y., Anikster, Y., Hildebrandt, F., Katsanis, N., Elpeleg, O., Davis, E. E. Mutations in TMEM260 cause a pediatric neurodevelopmental, cardiac, and renal syndrome. Am. J. Hum. Genet. 100: 666-675, 2017. PubMed: 28318500
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 14 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika