Дискриминација атеиста, понекад називана и атеофобија, атеистофобија, или антиатеизам, како у садашњости тако и историјски, укључује прогон и дискриминацију људи који се изјашњавају као атеисти. Дискриминација атеиста може се манифестовати кроз негативне ставове, предрасуде, непријатељство, мржњу, страх или нетолеранцију према атеистима и атеизму, па чак и кроз потпуно порицање постојања атеиста. Често се изражава кроз неповерење без обзира на манифестацију. Чини се да је перципирана распрострањеност атеиста у корелацији са смањењем предрасуда. Постоји глобална распрострањеност неповерења у моралне перцепције атеиста која се може наћи чак и у секуларним земљама, као и међу самим атеистима.
Пошто се атеизам може дефинисати на различите начине, они који су дискриминисани или прогоњени на основу тога што су атеисти можда не би били сматрани атеистима у другом времену или месту. Тринаест муслиманских земаља званично кажњава атеизам или апостасију смрћу, а Humanists International тврди да „огромна већина” од 193 држава чланица Уједињених нација „у најбољем случају дискриминише грађане који не верују у бога, а у најгорем их може затворити због преступа означених као бласфемија”. Тврди се да најинтензивнији прогони атеиста, попут погубљења и убистава, могу представљати геноцид према правној дефиницији.
Стари век Тим Витмарш тврди да је атеизам постојао у старом веку, иако је тешко проценити његову распрострањеност с обзиром на то да се атеисти углавном спомињу (обично погрдно), а нису сачувани њихови списи. С обзиром на то да је монотеизам у то време био мањински став, атеизам је у сачуваним референцама углавном нападао политеистичка веровања и праксе. Реч „атеос” (безбожник) се такође користила за религиозно неслагање уопште (укључујући и монотеисте), што додатно компликује проучавање. Упркос овим потешкоћама, Витмарш сматра да је атеизам тада био у суштини исти. Иако су атеисти (или људи који су се тако перципирали) повремено били прогоњени, то је било ретко (можда зато што су били мала група, уз релативну толеранцију према различитим верским погледима). Други научници верују да је он настао касније, у модерном добу. Лисјен Февр је указао на „незамисливост” атеиста у његовом најснажнијем смислу пре шеснаестог века, због „дубоке религиозности” те ере. Карен Армстронг се сложила, пишући: „Од рођења и крштења до смрти и сахране на црквеном гробљу, религија је доминирала животом сваког мушкарца и жене. Свака активност у току дана, прекинута црквеним звонима која су позивала вернике на молитву, била је засићена верским веровањима и институцијама: они су доминирали професионалним и јавним животом — чак су и цехови и универзитети били верске организације. [...] Чак и да је изузетан човек могао постићи објективност неопходну да доведе у питање природу религије и постојање Бога, он не би нашао подршку ни у филозофији ни у науци свог времена.” Пошто је ауторитет власти почивао на идеји божанског права, угрожавали су га они који су негирали постојање локалног бога. Они који су етикетирани као атеисти, укључујући ране хришћане, Јевреје и суфи муслимане, због тога су били мета законског прогона.
Рани нови век и реформација
Током раног новог века, термин „атеиста” се користио као увреда и примењивао се на широки спектар људи, укључујући оне који су имали супротна теолошка веровања, као и оне који су извршили самоубиство, неморалне људе и чак противнике веровања у вештичарство. Атеистичка веровања су филозофи попут Томе Аквинског сматрали претњом реду и друштву. Адвокат и учењак Томас Мор рекао је да би верска толеранција требало да се прошири на све осим на оне који не верују у божанство или бесмртност душе. Џон Лок, један од оснивача модерних схватања верске слободе, тврдио је да атеистима (као и католицима и муслиманима) не би требало доделити пуна грађанска права.
Током инквизиције, неколико оних који су били оптужени за атеизам или бласфемију, или обоје, били су мучени или погубљени. Међу њима су свештеник Ђулио Чезаре Ванини који је задављен и спаљен 1619. године и пољски племић Казимјеж Лишчињски који је погубљен у Варшави, као и Етјен Доле, Француз погубљен 1546. године. Иако су их током деветнаестог века славили као атеистичке мученике, новији научници сматрају да веровања која су заступали Доле и Ванини нису атеистичка у модерном смислу.
Барух Спиноза је ефективно екскомунициран из сефардске јеврејске заједнице у Амстердаму због атеизма, иако се није изјашњавао као атеиста.
Модерно доба
Викторијанска Британија
Током деветнаестог века, британски атеисти, иако малобројни, били су изложени дискриминаторним праксама. Песник Перси Биш Шели искључен је са Универзитета у Оксфорду и одузето му је старатељство над двоје деце након што је објавио памфлет под насловом Неопходност атеизма. Они који нису желели да положе хришћанске заклетве током судских процеса нису могли да сведоче на суду да би добили правду, све док овај захтев није укинут Законима донетим 1869. и 1870. године.
Атеиста Чарлс Бредло изабран је за члана Британског парламента 1880. године. Ускраћено му је право да потврди, уместо да положи заклетву на дужност, а затим му је ускраћена и могућност да положи заклетву пошто су се други чланови успротивили, тврдећи да је он сам рекао да би она била бесмислена. Бредло је поново биран три пута пре него што је коначно могао да заузме своје место 1886. године када му је председник Дома дозволио да положи заклетву.
Франкова Шпанија Убијање левичара током франкистичке репресије у Шпанији било је оправдано делимично под изговором елиминације некатоличких атеиста, што је, како се тврди, масовна убиства учинило геноцидом у правном смислу.
Нацистичка Немачка
У Немачкој током нацистичке ере, декретом из 1933. године је стајало да „Ниједан националсоцијалиста не сме трпети штету... на основу тога што уопште не исповеда ниједну религију”. Међутим, режим се снажно противио „безбожничком комунизму”, и све немачке атеистичке и углавном левичарске слободоумне организације, као што је Немачка лига слободних мислилаца (500.000 чланова), забрањене су исте године; нацисти су толерисали неке десничарске групе до средине 1930-их. У говору који је одржао касније 1933. године, Адолф Хитлер је тврдио да је „згазио” атеистички покрет.
Током преговора који су довели до Конкордата (Рајхсконкордат) између нациста и Ватикана 26. априла 1933. године, Хитлер је изјавио да се „Секуларне школе никада не могу толерисати” због својих ирелигиозних тенденција. Хитлер је редовно игнорисао ову обавезу, као и Рајхсконкордат у целини, и до 1939. године све католичке деноминацијске школе биле су распуштене или претворене у јавне установе.Evans, Richard J. (2005). The Third Reich in Power. New York: Penguin.
До 1939. године, 94,5% Немаца се и даље изјашњавало као протестанти или католици, док је 3,5% било „Готглојбиг” (, досл. „верници у Бога”), а 1,5% је било без вере. Према историчару Ричарду Џ. Евансу, они који су припадали афилијацији Готглојбиг „били су убеђени нацисти који су напустили своју Цркву по налогу Партије, која је од средине 1930-их покушавала да смањи утицај хришћанства у друштву”.Richard J. Evans; The Third Reich at War; Penguin Press; New York Хајнрих Химлер је био снажан промотер Готглојбиг покрета и није дозвољавао атеистима улазак у СС, тврдећи да би њихово „одбијање да признају више силе” било „потенцијални извор недисциплине”. Химлер је објавио СС-у: „Ми верујемо у Свемогућег Бога који стоји изнад нас; он је створио земљу, Отаџбину и Народ, и послао нам је Фирера. Свако људско биће које не верује у Бога треба се сматрати арогантним, мегаломанским и глупим и тиме неподобним за СС.” СС заклетва (), коју је написао Химлер, такође је специфично осуђивала атеисте, понављајући горенаведена осећања.
Савремено доба
Људска права
Члан 18 Универзалне декларације о људским правима осмишљен је да заштити право на слободу мисли, савести и вероисповести. Комитет УН-а за људска права је 1993. године прогласио да члан 18 Међународног пакта о грађанским и политичким правима „штити теистичка, нетеистичка и атеистичка веровања, као и право да се не исповеда ниједна религија или веровање”. Комитет је даље навео да „слобода да се има или усвоји религија или веровање нужно подразумева слободу да се изабере религија или веровање, укључујући право да се замени тренутна религија или веровање другим или да се усвоје атеистички погледи”. Потписницима конвенције је забрањена „употреба претње физичком силом или казнених санкција да би се верници или неверници приморали” да се одрекну својих веровања или пређу на друга. Упркос томе, атеисти су и даље прогоњени у неким деловима света. Глобални преглед пружа Извештај о слободи мисли који припрема Humanists International, а који додељује оцене земљама кроз више категорија које покривају владу, образовање, друштво и изражавање.
Западне земље Модерне теорије уставне демократије претпостављају да су грађани интелектуално и духовно аутономни, те да владе треба да препусте питања верских убеђења појединцима и да не присиљавају верска убеђења користећи санкције или бенефиције. Устави, конвенције о људским правима и судска пракса везана за верске слободе у већини уставних демократија пружају правну заштиту атеистима и агностицима. Поред тога, одредбе о слободи изражавања и закони који одвајају цркву од државе такође служе за заштиту права атеиста. Као резултат тога, отворена правна дискриминација атеиста није уобичајена у већини западних земаља. Међутим, предрасуде према атеистима постоје у западним земљама. Једна студија је показала да атеисти имају мање изгледе за запошљавање.
Европа
У већем делу Европе, атеисти су бирани на високе функције у многим владама без контроверзи. Неке атеистичке организације у Европи изразиле су забринутост у вези са питањима одвајања цркве и државе, као што су административне таксе за напуштање цркве које се наплаћују у Немачкој, и проповеди које организује шведски парламент. Ирска захтева верску обуку на хришћанским колеџима да би се радило као наставник у школама које финансира држава. У Великој Британији једна трећина државних школа заснована је на вери. Међутим, не постоје ограничења за атеисте да обављају јавне функције. Најмање четири премијера Уједињеног Краљевства били су отворени атеисти, заједно са многим другим високим политичарима из свих странака. Према анкети из 2012. године, 25% Турака у Немачкој верује да су атеисти инфериорна људска бића.Liljeberg Research International: , July/August Португалија је изабрала два председника, Марија Соареса, који је такође изабран за премијера, и Жоржеа Сампаја, који су отворено изразили своју ирелигиозност, као и два премијера агностика, Жозеа Сократеса и Антонија Косту. Насупрот томе, у Грчкој је десничарска влада Нове демократије изјавила да „грчки народ има право да зна да ли је господин Алексис Ципрас атеиста”, иако су признали да је „то његово право”. У случају монаха Пајсија (Elder Pastitsios), 27-годишњак је осуђен на затворску казну због сатиричног приказивања популарног апокалиптичног грчког православног монаха, док је неколико митрополита Грчке православне цркве (која није у потпуности одвојена од државе) такође позвало своју паству да „не гласа за невернике за функције”, идући чак толико далеко да су упозорили грчке православне вернике да би „грешили ако би гласали за атеисте за јавне функције”.
Бразил
Анкета из 2009. године показала је да су атеисти најомраженија демографска група у Бразилу, међу неколико других анкетираних мањина, будући скоро на истом нивоу са зависницима од дрога. Према истраживању, 17% испитаника изјавило је да осећа мржњу или одбојност према атеистима, док је 25% осећало антипатију, а 29% је било равнодушно.
Канада